顶杆发动机是一种经典的内燃机结构，也是许多老式汽车和摩托车所采用的发动机类型。然而，这种发动机也有一些缺点，影响了其在现代机车制造中的应用。

首先，顶杆发动机的结构比较复杂，需要更多的零部件来完成工作。这不仅增加了制造成本，也会导致更多的维护和修理工作。此外，顶杆发动机的运转噪音比较大，这在现代社会的环保和噪音污染要求下，不再被广泛接受。

其次，顶杆发动机的燃油经济性不如其他现代化的发动机结构。这是因为顶杆发动机需要更多的油润滑，同时它的燃油喷射系统也不如现代高效的电喷系统，导致燃油的利用率较低。这在当前对节能减排的要求下，也是一个不容忽视的问题。

最后，顶杆发动机的功率输出相对较低，这限制了它在高性能机车制造中的应用。尽管顶杆发动机的耐用性和稳定性值得肯定，但它的低功率输出和其他缺点也限制了它的应用范围。

综上所述，顶杆发动机虽然是一种经典的发动机结构，但是它的缺点限制了它在现代机车制造中的应用。随着科技的不断发展，我们相信未来会有更加先进的发动机结构出现，满足人们对于高效、环保、高性能等多方面需求。